Naturfagundervisningen kombinerer det sanselige med det teoretiske og favner fagene geologi, biologi, fysikk og kjemi. Helt grunnleggende i steinerpedagogikken er det at evnen til å forstå et fenomen i første omgang baseres på den enkeltes opplevelse av det.  De første årene får barna ta del i de arketypiske bilder som fremstiller samspillet mellom menneske og natur. Elevene får også praktisk arbeid med naturen gjennom turer og skolehage. Naturfremstillingen følger elevenes naturlige progresjon fra dyptfølt og selvfølgelig fellesskap mellom mennesket og naturen på barnetrinnet, gjennom gradvis å skille naturen ut ved presentasjon av zoologi og botanikk på mellomtrinnet, frem til den rent fysiske materie i geologifaget. Gjennom humanbiologi og kjemi på ungdomstrinnet føres, iakttagelsen helt inn i stoffenes og organismens indre.

Zoologi og Botanikk. Gjennom første omgang zoologi og botanikk vekkes elevenes evne til refleksjon på grunnlag av iakttagelsen av dyr eller plante, og- ikke minst- observasjoner rundt avhengighet til samspill med de umiddelbare omgivelser. De fire elementene jord luft, ild og vann er sentrale i forståelsen av disse sammenhengene. Menneskets særstilling blir tydelig ved en sammenlikning; mennesket er fritt, ikke bundet til et sted eller en biotop på grunn av sin fysiske utrustning.

I zoologiperioden er det vanlig at elevene velger et dyr som de skriver særoppgave om. Undervisningsstoffet bearbeides ellers i arbeidsbøker med tekst og tegninger. I malefaget kommer også mange av zoologiens emner til estetisk bearbeidelse.

Botanikk innledes med sopp, lav og alger. Elevene blir kjent med planterikets inndeling i familie, slekt og art, og lærer spesifikt om lilje og rosefamilien. De ulike plantenes utforming av rot, stengel, blad og blomst settes i sammenheng med elementene, landskapet og voksestedet.  

I Geologi får elevene en grunnleggende innføring i de vanligste bergartene og hvordan de er dannet. De lærer om prosessene vulkanisme, sedimentasjon og omdanning. Eruptive, og sedimentære og metamorfe bergarter. De lærer om granitten som hører til klodens urskorpe som den første faste substansen i jordklodens fortetningsprosess, og som er opphav til mye av det som siden er blitt dannet av bergarter.

Biologi i ungdomsskolen. Hovedtrekkene i undervisningen er menneskets anatomi og biologi. Elevene ser på hvordan kroppen fungerer og fremtrer, med det mål å etablere et helhetlig og differensiert bilde av menneskekroppen. I undervisningen er det også nærliggende å trekke inn aspekter fra evolusjonen, med paralleller og polariteter til dyreriket. Etter hvert tar vi opp temaer som kjønnsidentitet og kjønnsroller, seksualitet og spørsmål knyttet til prevensjon og helse.

Kjemi er det naturfaget som innføres sist i steinerskolens plan. Det kan sees i sammenheng med at man gjennom dette fagområdet går dypest inn i materien idet fenomenene her viser oss selve stoffets forvandlingmuligheter og indre struktur. Etter det grunnleggende i 8. klasse går man i 9. klasse over til kjemisk behandling av næringsstoffene. Kjemiundervisningen er et aktivt fag hvor elevene får testet ut teorier i praksis. Elevene får innblikk i og erfarer forskjellige aspekter ved ilden, og undersøker hva som skjer i forbrenningen av gasser, væsker og faste stoffer. Videre ser vi nærmere på organisk kjemi og fotosyntesen. Etter hvert går vi inn på karbonkjemien, næringsstoffene proteiner og fettstoffer. Deretter ser vi på betydningen av nedbrytningsproduktet alkohol og behandler omvandlingen av alkohol til eter.

Fysikk. Det første rene fysikkperioden kommer i 7. klasse. Her begynner elevene å øve på å observere nøye, tenke logisk og se bort fra irrelevante faktorer. Likevel er det nødvendig med fantasi, for når vi skal kunne komme fra de faktiske observasjonene i fysikken til det aktuelle begrepet eller lovmessigheten, trengs både den rene tenkningen og en type fantasisom ikke er vilkårlig, men som må stemme overens med, og springe ut fra det vi faktisk har observert. Det er akustikk og optikk som blir gransket i 7. klasse. Når vi behandler tema innen optikken bli elevene kjent med grunnleggende fenomener som lys, mørke og farge. De kommer nærmere inn på fargenes forhold til hverandre og ser på fysiologiske motbilder, skyggedannelse, kamera og lysebrytning. Videre i ungdomsskolen får elevene arbeide med varmelære og mekanikk, gravitasjon og elektromagnetisme. Gjennom ulike forsøk ser vi på hvordan kreftene virker i slike systemer. Videre er naturen tema og vi utforsker og lærer om naturkreftene. Dette leder inn på tema om motoren og elektromotoren, og vi ser på hvordan forbrenningsmotoren virker. Senere forbindes fysikken med innføring i utviklingen av kommunikasjonsmidler; Dampmaskin og forbrenningsmotor på den ene siden, telefonen på den annen siden. Elevene får oppleve at de kan relatere sin egen erfaring, tenkning og begrepsdannelse til det som foregår i den tekniske omverden. I varmelæren lærer elevene om utviklingen av damp som maskinell kraft fra Newcomen til Watt. Elevene lærer om kjente fysikere og tar for seg biografier om Aristoteles, Galileo, Newton, Galvani, Volta og Einstein.

Under Vårprosjektet for 7. til 9. klasse finner en skoleuke sted i naturen, ved sjøen eller i skogen. Elevene jobber med fagrelaterte prosjekter her, i en uke. Da øver elevene både faglig samarbeid og utfører fysiske oppgaver på stedet. Vårprosjektet blir på denne måten også en naturlig overgang fra barneskolen i ungdomstrinnet.

Økologiperioden i 10. klasse behandler tanken om jorden som en levende selvregulerende organisme. Tredelingen av økosystemet er økologiens ur bilde. Denne perioden er gjerne knyttet til Landbruskpraksis, som foregår på Solli gård i Vestfold. Her får elevene arbeide i grupper, med fjøsstell, vedhogst, mat, kompostering og smådyrhold.